función R para analizar los argumentos de línea de comando

Question

tengo la siguiente función a continuación, que estoy usando para analizar los argumentos de línea de comandos, de modo que pueda funcionar R secuencias de comandos desde la línea de comandos:

parseArguments <- function() { 
    text1 <- commandArgs(TRUE) 
    eval(parse(text=gsub("\\s", ";", gsub("--","", text1)))) 
    args <- list() 
    for(ar in ls()[! ls() %in% c("text1", "args")]) {args[ar] <- get(ar)} 
    return (args) 
} 

Aquí es una CLI salida de la sesión cuando traté de llamar a un script R que utiliza la función anterior para analizar argumentos CL, utilizando los parámetros siguientes:

./myscript.R --param1='XLIF' --param2='ESX' --param3=5650.0 --param4=5499.2 --param5=0.0027397260274 --param6='Jul' --riskfreerate=0.817284313119 --datafile='/path/to/some/datafile.csv' --imagedir='/path/to/images' --param7=2012 --param8=2 
Error in parse(text = gsub("\\s", ";", gsub("--", "", text1))) : 
    8:10: unexpected '/' 
7: riskfreerate=0.817284313119 
8: datafile=/ 
      ^
Calls: parseArguments -> eval -> parse 
Execution halted 

Ayuda?

[[Actualización]]

He seguido el consejo de Dirk e instalado la biblioteca optparse. Mi código ahora se ve así:

library(optparse) 

# Get the parameters 
option_list <- list(
    make_option(c("-m", "--param1"), action="store_false"), 
    make_option(c("-t", "--param2"), action="store_false"), 
    make_option(c("-a", "--param3"), action="store_false"), 
    make_option(c("-s", "--param4"), action="store_false"), 
    make_option(c("-x", "--param5"), action="store_false"), 
    make_option(c("-o", "--param6"), action="store_false"), 
    make_option(c("-y", "--param7"), action="store_false"), 
    make_option(c("-r", "--riskfreerate"), action="store_false"), 
    make_option(c("-c", "--param8"), action="store_false"), 
    make_option(c("-d", "--datafile"), action="store_false"), 
    make_option(c("-i", "--imagedir"), action="store_false") 
) 

# get command line options, i 
opt <- parse_args(OptionParser(option_list=option_list)) 

Cuando ejecuto el script de R pasándole los mismos parámetros de línea de comandos, me sale:

Loading required package: methods 
Loading required package: getopt 
Error in getopt(spec = spec, opt = args) : 
    long flag "param1" accepts no arguments 
Calls: parse_args -> getopt 
Execution halted 

???

Answer 1

estoy respondiendo a su segunda pregunta, sobre el error que puede experimentar con optparse:

Desde la página make_option ayuda (...):

acción: Una cadena de caracteres que describe la acción optparse debería tomar cuando encuentra una opción, ya sea "store", "store_true", o "store_false". El valor predeterminado es "almacenar", lo que significa que optparse debe almacenar el siguiente valor especificado si la opción se encuentra en la cadena de comando. "Store_true" almacena TRUE si se encuentra la opción y "store_false" almacena FALSE si se encuentra la opción.

En resumen, es necesario utilizar action = "store" (el valor predeterminado) si desea ejecutar algo como:.

./myscript.R --param1='XLIF' --param2='ESX' [...] 

Answer 2

Sí, hay paquetes CRAN getopt y optparse solo para esto.