Puede agregar el javascript al evento OnClientClick() del botón ... la clave es devolver falso si desea cancelar el evento. Si devuelve falso, OnClick no se activará.
<asp:Button id="DeleteButton" runat="server" Text="Delete"
OnClick ="delete_clickhandler"
OnClientClick="return confirm('Are you sure you want to?');" />
alternativa, puede llamar a un método en javascript
<asp:Button id="DeleteButton" runat="server" Text="Delete"
OnClick ="delete_clickhandler"
OnClientClick="return MyDeleteConfirm();" />
Dónde MyDeleteConfirm() hace algo más elaborado, pero devuelve false si no desea eliminar.
Google FTW. Me salvó el día. – DoStuffZ