Observo exactamente lo mismo. Es realmente desconcertante por qué Safari, webkit en iOS, supongo que realmente, lo maneja de manera diferente en los dos casos.
Noté una cosa que podría ser una pequeña pista, cuando se ejecuta como una 'aplicación' con pantalla de inicio cuando reproduce el audio, el iOS status bar (al menos en mi ios4.1/iphone4) NO muestra el indicador de reproducción (triángulo azul). Pero cuando se utiliza el sitio directamente a través de Safari (y el sonido permanece en el fondo como se esperaba) muestra el indicador de reproducción.
Creo que las únicas personas que probablemente puedan responder a su pregunta son Apple, ya que es su implementación de webkit. Si aún no lo ha hecho, le insto a que lo tome en los tablones de anuncios de Apple.
Para otras personas que no estén familiarizadas con el 'full screen access', Dan se refiere a una metaetiqueta específica de Safari que permite abrir una página web marcada en Safari a pantalla completa sin las barras de ubicación y menú.
Mientras HTML5 avanza en el soporte de las características nativas del dispositivo a través de las API HTML 5 (como acelerómetros, etc.), el verdadero audio de fondo parece que todavía no se ha especificado. Por antecedentes me refiero a cuando el navegador no es la aplicación en la que el usuario está enfocado actualmente. Recientemente, iOS incluso admitió la multitarea de aplicaciones, que es lo que hace posible el comportamiento de safari, pero es algo separado integrarlo estrechamente con las características de control de audio nativas del sistema operativo, que es lo que debería suceder.
Bummer, su 2015, acaba de lanzar iOS 9, y este problema aún existe. ¡Cojo! –