Aquí hay un ejemplo de mi PC devolvente en el hogar. Es un servicio web C++ que se ejecuta en 127.0.0.1:90 que estoy probando/depurando. El "FcgidIOTimeout" está configurado en 3600, por lo que mod_fcgid no aguardará el tiempo de espera esperando una respuesta mientras paso por el proceso fcgi con gdb (el depurador). Si se agota el tiempo durante la depuración, la aplicación fcgi será eliminada. Un poco más abajo hay un scriptAlias y un directorio que le dice a Apache dónde está la carpeta cgi ... "/ home/dgnorton/prj/dfi/build/src /" ... que es la carpeta de salida de compilación para mi proyecto. También deberá verificar los permisos de ese directorio.
Solo uso esto en mi sistema de inicio para la depuración. Lee los documentos Apache y mod_fcgid antes de usar esto en la naturaleza.
Listen 90
NameVirtualHost 127.0.0.1:90
<VirtualHost 127.0.0.1:90>
ServerName www.example1.com
DocumentRoot /var/www/dfi
<IfModule fcgid_module>
FcgidIOTimeout 3600
</IfModule>
<Directory />
Options FollowSymLinks
AllowOverride None
</Directory>
<Directory /var/www/>
Options Indexes FollowSymLinks MultiViews
AllowOverride None
Order allow,deny
allow from all
</Directory>
ScriptAlias /cgi/ /home/dgnorton/prj/dfi/build/src/
<Directory "/home/dgnorton/src/dfi/build/src">
AllowOverride None
Options +ExecCGI -MultiViews +SymLinksIfOwnerMatch
Order allow,deny
Allow from all
</Directory>
ErrorLog /var/log/apache2/error.log
# Possible values include: debug, info, notice, warn, error, crit,
# alert, emerg.
LogLevel warn
CustomLog /var/log/apache2/access.log combined
Alias /doc/ "/usr/share/doc/"
<Directory "/usr/share/doc/">
Options Indexes MultiViews FollowSymLinks
AllowOverride None
Order deny,allow
Deny from all
Allow from 127.0.0.0/255.0.0.0 ::1/128
</Directory>
</VirtualHost>
Se puede publicar su fuente, archivos de configuración, y cómo se trató de ejecutar su programa? Esta es una pregunta muy confusa y difícil de responder sin esta información. –