Sí, pero es un poco complicado: básicamente, necesitas editar el archivo del proyecto a mano.
He aquí un ejemplo de un proyecto que Marc Gravell y yo trabajamos en:
<Compile Include="Linq\Extensions\DataProducerExt.cs" />
<Compile Include="Linq\Extensions\DataProducerExt.SingleReturn.cs">
<DependentUpon>DataProducerExt.cs</DependentUpon>
</Compile>
<Compile Include="Linq\Extensions\DataProducerExt.Grouping.cs">
<DependentUpon>DataProducerExt.cs</DependentUpon>
</Compile>
<Compile Include="Linq\Extensions\DataProducerExt.Pipeline.cs">
<DependentUpon>DataProducerExt.cs</DependentUpon>
</Compile>
<Compile Include="Linq\Extensions\DataProducerExt.Conversion.cs">
<DependentUpon>DataProducerExt.cs</DependentUpon>
</Compile>
<Compile Include="Linq\Extensions\DataProducerExt.Math.cs">
<DependentUpon>DataProducerExt.cs</DependentUpon>
</Compile>
Nota elemento "DependentUpon" en cada una de las dependencias. Esto se muestra apropiadamente en VS, con DataProducerExt.cs como padre.
La extensión FileNesting puede hacerlo automáticamente: https://marketplace.visualstudio.com/items?itemName=MadsKristensen.FileNesting – John