En IIS 6 (y en otras versiones también afaik), hay un valor de Tiempo de espera de sesión en Propiedades -> pestaña Directorio Inicio -> botón Configuración -> pestaña Opciones. Se parece a esto:Tiempo de espera de sesión de IIS frente a tiempo de espera de sesión de ASP.NET
Y en el web.config ASP.NET hay un ajuste SessionState, se parece a esto:
<system.web>
<sessionState timeout="120" />
<!-- etc .. -->
</system.web>
Son, por casualidad, relacionados? ¿Establecen lo mismo, o cosas diferentes?