Personalmente utilizamos la interfaz R CMD BATCH a R para lograr esto. No es muy elegante, pero esencialmente tenemos un usuario pegando datos en un formulario que se pasa a PhP que genera un archivo .R con algo
x = c (1,2,3,4); dev.off(); gráfico (x);
A continuación, obtener PHP para hacer un ejecutivo "R CMD LOTE"
En el directorio a continuación, debe obtener el archivo Rplots.ps que se puede servir al cliente. Igualmente puede usar la función jpeg() para devolver una imagen jpeg del gráfico que luego puede mostrarse en la página web que devuelve PhP.
No es nada elegante, pero nos funciona.
Gracias por la Respuesta dangerstat. Esta no era la mejor solución, pero así que lo elegí. En otro foro, encontré dos opciones que eran mucho más agradables para mis propósitos. –