La lista de objetos gráficos que necesita se encuentra en la parte inferior de this page. Entonces, un enfoque simple aunque tedioso sería iterar a través de todos esos objetos que usas, p.
\override Staff.Clef #'color = #(rgb-color 0.4 0.5 0.6)
\override Staff.NoteHead #'color = #(rgb-color 0.4 0.5 0.6)
\override Staff.Beam #'color = #(rgb-color 0.4 0.5 0.6)
\override Staff.Slur #'color = #(rgb-color 0.4 0.5 0.6)
etc.
Probablemente hay una manera mucho mejor, pero no puedo entenderlo. Alternativamente, as has been suggested before podrías considerar hacer un post-procesamiento en la salida de Lilypond, que puede ser más simple dependiendo de las herramientas que tengas disponibles.
recomiendo que lea la excelente documentación, en particular, cómo explorar el funcionamiento interno de referencia como cubierto por el Learning Manual y la Notation Reference
También es posible obtener una mejor respuesta de la lilypond-user mailing list.