2010-05-03 8 views
6

Tengo 40 sujetos, de dos grupos, durante 15 semanas, con alguna variable medida (Y).Agregar líneas de tendencia/diagramas de caja (por grupo) en ggplot2

Deseo tener un diagrama donde: x = tiempo, y = T, las líneas son por temas y colores por grupos.

He encontrado que se puede hacer así:

TIME <- paste("week",5:20) 
ID <- 1:40 
GROUP <- sample(c("a","b"),length(ID), replace = T) 
group.id <- data.frame(GROUP, ID) 
a <- expand.grid(TIME, ID) 
colnames(a) <-c("TIME", "ID") 
group.id.time <- merge(a, group.id) 
Y <- rnorm(dim(group.id.time)[1], mean = ifelse(group.id.time$GROUP =="a",1,3)) 
DATA <- cbind(group.id.time, Y) 
qplot(data = DATA, 
     x=TIME, y=Y, 
     group=ID,  
     geom = c("line"),colour = GROUP) 

Pero ahora me gustaría añadir a la trama algo para mostrar la diferencia entre los dos grupos (por ejemplo, una línea de tendencia para cada grupo, con algunas líneas de sombra CI) - ¿cómo se puede hacer?

Recuerdo que una vez que vi el ggplot2 puedo (fácilmente) hacer esto con geom_smooth, pero me falta algo sobre cómo hacerlo funcionar.

Además, me pregunté si las líneas serían como un diagrama de caja para cada grupo (con una línea para los diferentes cuantiles y vallas, etc.). Pero me imagino que responder la primera pregunta me ayudaría a resolver el segundo.

Gracias.

Respuesta

16
p <- ggplot(data=DATA, aes(x=TIME, y=Y, group=ID)) + 
      geom_line(aes(colour=GROUP)) + 
      geom_smooth(aes(group=GROUP)) 

geom_smooth plot http://img143.imageshack.us/img143/7678/geomsmooth.png

+0

, gracias RCS. ¿Cómo cambio el SE sombreado para que sea del 95% en lugar del 68%? –

+0

Me limitaré a señalar que los intervalos de suavizado predeterminados no tienen (que yo sepa) que tengan en cuenta cualquier autocorrelación presente en el asunto. Los datos longitudinales casi seguramente tendrán una estructura de correlación. Me gusta mucho este tipo de trama –

+0

Puedes usar 'level' en' stat_smooth' (0.95 por defecto): 'p + geom_smooth (nivel = 0.95, aes (group = GROUP))' – rcs

Cuestiones relacionadas