cómo extraer sinónimos de la ontología MeSH?

Question

En este nivel de mi trabajo, necesito extraer sinónimos de clase de la ontología MeSH. Estoy buscando la sintaxis correcta para la consulta SPARQL: ¿cómo se almacenan los sinónimos en MeSH? y ¿cómo puedo extraerlos?

Answer 1

No estoy seguro de lo que quiere decir con sinónimos. Pero después de mirar la ontología MeSH (descargada de here). Funciono con la siguiente consulta para enumerar todos los diferentes predicados:

SELECT DISTINCT ?p where { ?s ?p ?o } 

... y me sale ...

<http://www.w3.org/2004/02/skos/core#historyNote> 
<http://www.nlm.nih.gov/mesh/2006#considerAlso> 
<http://www.nlm.nih.gov/mesh/2006#recordAuthorizer> 
<http://www.nlm.nih.gov/mesh/2006#dateEstablished> 
<http://www.nlm.nih.gov/mesh/2006#dateCreated> 
<http://www.nlm.nih.gov/mesh/2006#onlineNote> 
<http://www.nlm.nih.gov/mesh/2006#activeMeSHYear> 
<http://www.nlm.nih.gov/mesh/2006#historyNote> 
<http://www.w3.org/2004/02/skos/core#related> <<<--- 
<http://www.w3.org/2004/02/skos/core#broader> <<<--- 
<http://www.nlm.nih.gov/mesh/2006#recordMaintainer> 
<http://www.w3.org/2004/02/skos/core#scopeNote> 
<http://www.w3.org/2004/02/skos/core#altLabel> 
<http://www.w3.org/2004/02/skos/core#prefLabel> 
<http://www.nlm.nih.gov/mesh/2006#preferredCombination> <<<--- 
<http://www.nlm.nih.gov/mesh/2006#publicMeSHNote> 
<http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#type> 
<http://www.w3.org/2004/02/skos/core#annotation> 
<http://www.w3.org/2004/02/skos/core#hiddenLabel> 
<http://www.nlm.nih.gov/mesh/2006#recordOriginator> 
<http://www.nlm.nih.gov/mesh/2006#runningHead> 
<http://www.nlm.nih.gov/mesh/2006#dateRevised> 

... los predicados con <<<--- me hacen supongo algún tipo de relación entre los recursos especie .

Por ejemplo si tratamos skos:related con la siguiente consulta:

PREFIX skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#> 
PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> 
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> 

SELECT ?slabel ?olabel 
WHERE { 
    ?s skos:related ?o . 
    ?s skos:prefLabel ?slabel . 
    ?o skos:prefLabel ?olabel . 
} 

tenemos cosas por el estilo ...

"Anesthetics" "Adjuvants, Anesthesia" 
"Prostatic Neoplasms" "Prostate-Specific Antigen" 
"Elbow" "Tennis Elbow" 
"Uterine Hemorrhage" "Menorrhagia" 
"Ecology" "Environmental Health" 
"Endocarditis, Bacterial" "Aneurysm, Infected" 
(.... and many more) 

Si intenta skos:broader con la siguiente consulta (prefijos omitidas). Observe que skos:broader se utiliza para definir jerarquías de conceptos, por lo que tiene una semántica diferente de skos:related

SELECT ?slabel ?olabel 
WHERE { 
    ?s skos:broader ?o . 
    ?s skos:prefLabel ?slabel . 
    ?o skos:prefLabel ?olabel . 
} 

se obtiene ...

"Healthy People Programs" "Health Promotion" 
"Suggestion" "Hypnosis" 
"Sodium Iodide" "Iodides" 
"Unnecessary Procedures" "Health Services Misuse" 
"Bornanes" "Norbornanes" 
"Prajmaline" "Ajmaline" 
"Vestibular Nerve" "Vestibulocochlear Nerve" 
"Adenolymphoma" "Neoplasms, Complex and Mixed" 
"Child, Gifted" "Child, Exceptional" 
"Tooth Germ" "Tooth Components" 
"Breast Self-Examination" "Self-Examination" 
(... and many more) 

En pocas palabras, si usted no sabe la carrera esquema some exploratory queries y tratar de ver lo que hay allí.

Editar: Oferta de los archivos OWL

@ segura creo que tiene razón, no hay este tipo de relaciones entre las clases del archivo OWL está utilizando.

La siguiente consulta le da todas las clases de OWL:

SELECT DISTINCT ?p WHERE { ?s a <http://www.w3.org/2002/07/owl#Class> . } 

... y este otro da todos los predicados utilizados en cualquier clase:

SELECT DISTINCT ?p WHERE { 
    ?s a <http://www.w3.org/2002/07/owl#Class> . 
    ?s ?p ?o } 

... esta última consulta solamente devuelve:

<http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#subClassOf> 
<http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#type> 

en realidad, en ese archivo OWL sólo tienen cosas como:

<http://org.snu.bike/MeSH#antimony_sodium_gluconate> rdf:type owl:Class . 

y ...

<http://org.snu.bike/MeSH#antimony_sodium_gluconate> rdfs:subClassOf <http://org.snu.bike/MeSH#gluconate>. 

Esto significa que la única cosa que se declara en ese archivo OWL es una jerarquía de clases y hay sinónimos son declarados.

Si de alguna manera desea extraer todas las subclases, haga ...

SELECT * WHERE { 
?subClass <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#subClassOf> ?upperClass 
}