Si le digo a NetBeans (6.9) que compile en guardar, NetBeans me advierte que las clases compiladas no son idénticas a las compiladas con el compilador de JDK. La plataforma Java está configurada en "JDK 1.6" en el mismo cuadro de diálogo. ¿Qué compilador usan NetBeans? ¿Por qué NetBeans no usa el compilador JDK?¿Qué compilador Java es utilizado por NetBeans?
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¿No puedes configurar NetBeans para utilizar su SDK instalado? No olvide que NetBeans y Java ahora son propiedad de Oracle, por lo que, básicamente, un SDK de NetBeans es en realidad un SDK de Java. –