Pruebe Inclued, un paquete PECL que amplía PHP e informa inclusiones de archivos y otra información. La introducción manual dice:
Rastrea y descarga la jerarquía de inclusiones de archivos y herencia de clases en tiempo de ejecución. Los archivos pueden haberse incluido utilizando include(), include_once(), require() o require_once(). Las dependencias de herencia de clase también se informan.
También echa un vistazo a PHP_Depend, una herramienta de métricas de código para PHP. Esto no muestra exactamente las dependencias de archivos, pero informa las métricas de complejidad del código que pueden ser útiles a medida que mantiene y refactoriza un proyecto PHP heredado.