La norma sería la siguiente:
header('Location: http://www.mywebsite.com/yourpage.php?id=32', TRUE, 302);
Pero para responder a su pregunta, sí, va a redirigir a la página de X en la carpeta actual si usted no pone una barra en un primer momento o una URL completa.
Aquí hay una idea que le sugiero que haga para cada sitio web que haga. En el archivo principal (el archivo php principal se utiliza como config o lo que sea), crear algo así:
define('URL', 'http://www.mywebsite.com/');
Así que cuando se crea una redirección, un enlace o lo que sea, esto se hace:
header('Location: '.URL.'yourpage.php?id=32', TRUE, 302);
EDIT: noviembre de 2017. Como señala @jordanbtucker a continuación, la especificación de HTTP se ha actualizado en junio de 2014 (esta publicación es de 2012) para permitir URI relativos en el encabezado de la ubicación.
ya que es PHP, el navegador ni siquiera saber sobre la cabecera, sólo se da cuenta está siendo redirigido, porque PHP se ejecuta en el servidor. – 11684
@ 11684: El navegador del cliente recibirá absolutamente un encabezado de ubicación. ¿De qué otra manera crees que decide cambiar su ubicación? – webbiedave
@ 11684 Su error. PHP se ejecuta en el servidor, sí. Pero PHP envía el encabezado al navegador (cliente) y el cliente hace lo que quiera con él. –