Hay un par de maneras de abordar esto:
1) instalación de una aplicación Android Biblioteca (diseñado para Eclipse)
Este es el método sugerido en la documentación de Android. Con este método, configuraría su aplicación como "Library Project".
Luego, para cada compilación específica que desee producir, configuraría un nuevo proyecto de Android que references el Proyecto de biblioteca creado anteriormente. Este proyecto necesitaría tener su propio AndroidManifest que declare los componentes utilizados desde la aplicación de la biblioteca. Como cada aplicación tiene su propio manifiesto, se puede hacer casi cualquier tipo de personalización intercambiando componentes o cambiando la información.Sin embargo, si bien permite diferencias complejas, esto crea cierta redundancia en el mantenimiento si hay pocas diferencias.
2) incorporado un script ANT u otra escritura de la estructura para manipular la configuración
un script Ant podría en tiempo de compilación manipular las fuentes o archivos XML para permitir la configuración personalizada. La forma más fácil de hacerlo sería utilizar el unix sed o un script de python/ruby para realizar la personalización. Esto es ideal cuando la personalización se limita a pequeños cambios y/o solo reemplazos de texto. Esta es mi ruta de elección en la mayoría de los casos.
Recomiendo copiar el árbol de fuentes a un directorio temporal antes de realizar las manipulaciones de modo que se pueda borrar en una "limpieza de hormigas" y no afecte la copia de trabajo de la fuente. Una advertencia con esto es que diseñaría las modificaciones de modo que la fuente siga construyendo sin ejecutar el script (es decir, puede hacer construcciones estándar mientras se desarrolla en eclipse o en cualquier otro entorno sin necesidad de ejecutar el script especial).