Si está ejecutando en Windows es probable que pueda utilizar JaWin. Es una biblioteca de código abierto que envuelve el objeto COM y le proporciona una API Java para acceder a ellos. Por lo que recuerdo, su distribución contiene ejemplos de cómo conectarse al servidor de MS Exchange.
Otros paquetes similares que conozco son
Ambas bibliotecas implementan el protocolo DCOM en Java, por lo que puede ejecutar la aplicación que los usa en cualquier plataforma y se conectan al servidor de intercambio.
Otra forma es utilizar el protocolo POP3 o SMTP también admitido por Exchange. Hay muchos paquetes que los respaldan, p. JavaMail.
Y la última manera: si su aplicación se ejecuta en el lado del cliente, es decir, en la computadora del cliente puede analizar archivos creados por Outlook. No recuerdo dónde están almacenados estos archivos, pero recuerdo que hace muchos años descubrí el problema y vi que todos los correos electrónicos se almacenan en un sistema de archivos en formato de texto claro.
EDIT: Recientemente descubrí JACOB: otra biblioteca que usa JNI (como JaWin).
http://stackoverflow.com/questions/14869441/read-msg-file-with-java-mail-api-pls-suggest-me/14873139#14873139 –