JQM es sólo un marco de JavaScript, le da algunos controles de interfaz de usuario, animaciones y gestiona la navegación de páginas para usted.
Sigue siendo una página web javascript, por lo que en realidad no tiene nada compilado al final. Debido a esto, sus usuarios acceden a él utilizando su NAVEGADOR apuntando a una URL, al igual que un sitio web normal (solo aquellos se llaman Aplicaciones Web en el lenguaje iOS).
PhoneGap es solo un proyecto nativo (escrito para todos los principales dispositivos móviles, como iOS, Android, BB, WP7, etc.) que envuelve un control WebView (básicamente una ventana del navegador) dentro de una aplicación. Podría incluir sus archivos .js/.html, y esos se cargarían LOCALMENTE. Otra característica de PhoneGap es un puente entre su código y las capacidades nativas del teléfono (como, por ejemplo, tomar una foto de JavaScript).
Usted termina con una APLICACIÓN NATIVA que luego puede publicar en la AppStore/AndroidMarket.
Espero que esto ayude a aclarar la diferencia.
Si quieres hacer una aplicación. Al usar HTML5 y acceder a la funcionalidad del dispositivo nativo, entonces necesita algo como PhoneGap; sin embargo, es su elección usar jQuery Mobile para su UI. – Jasper