Como dijo mikelong, esto depende mucho de lo que esté haciendo. AFAIK, ninguno de los métodos IPC tiene enlaces nativos de Java, por lo que probablemente tenga que usar JNI y hacer enlaces usted mismo, por lo que todos los métodos diferentes son más o menos igual de difíciles. Sin embargo, si está enviando mensajes, le recomiendo usar colas de mensajes. Son muy fáciles de usar (una vez que tienes los enlaces) y tienen un buen rendimiento. Si necesita "compartir" algún recurso, entonces probablemente quiera quedarse con la memoria compartida.
Como parece que está teniendo algún tipo de cliente/servidor, diría que utiliza colas de mensajes, sockets de dominio de Unix o conductos con nombre. Todos implican copiar datos en el núcleo, por lo que no son tan rápidos como la memoria compartida, pero aún así son muy rápidos. Si tiene datos similares a mensajes (paquetes pequeños individuales), vaya con colas de mensajes. Esa es probablemente la solución más limpia. Si tiene más de una secuencia de datos, use tuberías o zócalos. Los sockets tienen la ventaja de que puede hacer que sea más transparente (como X11) más adelante si lo desea, pero son un poco más difíciles de trabajar que las tuberías. El rendimiento es probablemente muy similar.
He actualizado la descripción debido a la puntuación "no clara", espero que sea más clara ahora. – SyRenity