Epub es sólo un archivo, como zip o tar. Si desea crear desde cero un archivo epub con php, debe crear archivos html separados y algunos archivos xml con la información correcta. Entonces deberías combinarlos en un archivo, en realidad es solo un archivo comprimido. Es un poco trabajo, pero no es muy difícil de hacer con php.
Creación de una postal: http://davidwalsh.name/create-zip-php
Para XML, que es el más simple de crear sólo las etiquetas que necesita, es muy sencillo de construir con la salida correcta.
Así:
1) Crear HTML y XML-archivos y guardarlos temporalmente en su servidor.
2) Cree un archivo zip con los archivos correctos en su servidor.
3) Permita que el usuario descargue el archivo con la extensión .epub.
¡Buena suerte!
¿Quizás escribiendo uno? Con http://php.net/manual/de/book.zip.php y http://en.wikipedia.org/wiki/EPub debería obtener resultados bastante rápido. Es solo un poco más que un montón de archivos HTML comprimidos. – Boldewyn