Paquete Edificio R obteniendo el error "ld: no se puede encontrar -lgfortran"

Question

Estoy tratando de instalar el paquete lars. Ubuntu 11.04 Natty de 64 bits. Desde la construcción de recibo: se instala

* installing *source* package âlarsâ ... 
** libs 
gfortran -fpic -O3 -pipe -g -c delcol.f -o delcol.o 
gcc -shared -o lars.so delcol.o -lgfortran -lm -L/usr/lib64/R/lib -lR 
/usr/bin/ld: cannot find -lgfortran 
collect2: ld returned 1 exit status 
make: *** [lars.so] Error 1 
ERROR: compilation failed for package âlarsâ 

gfortran y cuando corro gfortran --version consigo

gfortran --version GNU Fortran (Ubuntu/Linaro 4.5.2-8ubuntu4) 4,5 .2

sudo ldconfig -v da el error

/sbin/ldconfig.real: Imposible identificar /usr/lib/libgfortran.so: No existe el fichero o directorio

ya he retirado y reinstalado gfortran. ¿Qué necesito para arreglar esto?

Answer 1

Para la familia Debian/Ubuntu, por lo general recomendamos

$ sudo apt-get install r-base-dev 

ya que tira en todos los paquetes comúnmente necesarios para la compilación. Y este enfoque se pone a prueba todo el tiempo, ya que los creadores de paquetes automatizados se basan en esto (así como en Build-Depends adicionales por paquete). El paquete gfortran está listado aquí también; tal vez tengas un enlace roto de una instalación anterior, así que también probaría dpkg --purge gfortran; apt-get install gfortran. Dicho esto, docenas de paquetes R (y R en sí) usan Fortran por lo que no debería haber ninguna magia aquí.

Answer 2

Tuve el mismo problema al intentar instalar el paquete CRAN VGAM en Ubuntu 12.10 64 bits. Ya tenía instalado r-base-dev, pero el segundo comentario de Andrew Redd a la respuesta de Dirk Eddelbuettel funcionó para mí.

Específicamente, conseguía dos errores:

/usr/bin/ld: cannot find -lgfortran 
/usr/bin/ld: cannot find -lquadmath 

que se hayan fijado por las líneas:

sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3 /usr/lib/libgfortran.so 
sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libquadmath.so.0 /usr/lib/libquadmath.so 

en cuenta que sólo la primera línea sería necesario para cuidar del problema de la publicación original. La segunda línea solucionó mi error adicional con lquadmath.

Answer 3

El mismo problema al instalar el paquete R minqa en ubuntu 12.04, R3.1.0., X86 32bits (en realidad era parte de la instalación del paquete caret).

que resuelve

sudo ln -s /usr/lib/i386-linux-gnu/libgfortran.so.3 /usr/lib/libgfortran.so 

reinstalación r-base-dev no funcionaba y que no lo intenté reinstalar gfortran porque todas las dependencias.

Dependiendo del sistema/versión,

ls -l /usr/lib/libgfortran.so 

comprueba que existe el enlace/es correcto.

Answer 4

Si está utilizando gcc44, que necesitará:

yum install gcc44-gfortran 

Answer 5

Parece que otras sugerencias ya solucionado su problema, pero su pregunta también aplican para mí, pero la solución era diferente en mi caso. Mi problema era que mis versiones de gcc y g ++ diferían de mi versión de gfortran. Usé lo siguiente para cambiarlos de modo que fueran todos iguales.

1. comprobar qué versión de gcc, g ++, y gfortran tiene:

   g++ --version 
   gcc --version 
   gfortran --version 
   

2. de ajuste de modo que todos ellos son los mismos:

   sudo update-alternatives --config g++ 
   sudo update-alternatives --config gcc 
   sudo update-alternatives --config gfortran 
   

En mi caso, solo tenía una versión de gfortran, así que simplemente cambié las versiones de g ++ y gcc para que coincidieran con las de gfortran.

Answer 6

Para futuras almas perdidas, también ayuda a verificar todas las versiones del compilador (por https://askubuntu.com/questions/276892/cannot-find-lgfortran). En mi caso, gcc y gfortran eran 4.8.4, pero g ++ era 4.6.