En lugar de utilizar objetivos personalizados, puede crear un perfil personalizado.
En las propiedades del proyecto, ve en el panel Configuraciones , añadir uno nuevo, seleccionarlo y luego haga clic en Activar .
En el panel Ejecute seleccione su configuración personalizada.
Luego en el panel Acción seleccione su configuración personalizada y agregue/edite los objetivos que necesita.
Los objetivos que ya están presentes no se pueden eliminar, pero puede eliminar el contenido en "Ejecutar objetivos" y no harán nada.
Luego, cuando haga clic en el botón Ejecutar, se ejecutarán los objetivos que haya establecido.
PD: Hay una consola en Netbeans (Ventana-> Salida-> Terminal) pero en 6.9 sigue siendo experimental (y bastante atractiva), la de 7.1.1 funciona bien.
Bounty es una respuesta que me permite guardar el objetivo personalizado como un botón en la barra de herramientas. – sjakubowski