Sí, ClickOnce no es compatible con las aplicaciones WPF compiladas en ejecutables. ClickOnce no es más que un método de distribución de instalación. La principal diferencia entre crear un paquete de instalación y ClickOnce (que no sea estar basado en la web) es que las aplicaciones ClickOnce se instalan dentro de las carpetas ocultas dentro del directorio de Windows del usuario final.
Lo que significa que las aplicaciones ClickOnce se pueden instalar con una cuenta que no sea de administrador. La advertencia de este método es que una aplicación no se puede instalar en una PC y compartir a través de otras cuentas de usuario en la PC, cada usuario debe volver a instalar la aplicación.
WPF requiere .Net 3.0+ framework. Cuando publique su aplicación ClickOnce, deberá incluir el marco .Net 3.0 (o 4.0). Una vez que agregue el requisito previo para su proyecto, ClickOnce revisará la PC del usuario para ver si está instalado el marco. De lo contrario, lo preinstalará antes de instalar y ejecutar su aplicación. Si ya existe, omitirá la descarga y la instalación del marco.
Si necesita instalar una biblioteca o aplicación de un tercero, se pueden crear y agregar requisitos previos personalizados a sus proyectos. Vale la pena señalar que es posible que un administrador deba instalar requisitos previos, según los derechos del usuario final. Esto puede parecer un poco contra-intuitivo, pero es solo la naturaleza del proceso de instalación.
ClickOnce es un mecanismo de instalación muy simple pero robusto y lo he usado ampliamente. No es apropiado para cada circunstancia, pero ciertamente puede lograr lo que estás pidiendo.