Son bestias bastante diferentes. Aquí está mi opinión basada en mi experiencia limitada.
Dialogues
Diálogos hacerse cargo de la página, que contienen un fondo oscuro pantalla completa para que el "diálogo" parecen haber sustituido a la página.
Cualquier página se puede presentar como un diálogo agregando el atributo data-rel="dialog"
al enlace de anclaje de la página.
Al igual que las páginas, puede especificar cualquier transición de página que desee en el cuadro de diálogo agregando el atributo data-transition
al enlace.
Se puede encadenar.
Popups
Popups son probablemente más adecuado a las alertas, información sobre herramientas, pequeños sí/no ok/cancelar los mensajes, por lo que una ventana emergente miniatura en una imagen más grande, pequeñas formas ajax (boletín de noticias, inicio de sesión, publicar un comentario) Útil etc. cuando no desea sobrecargar la página con información, y solo desea revelar cierta funcionalidad a los usuarios cuando la necesitan o la solicitan.
Los diálogos por otro lado podrían usarse en situaciones en las que necesita transmitir mucha información (pantalla de aceptación de términos y condiciones, etc.), o cuando realmente desea enfatizar una alerta, menú, la elección que tiene un usuario , etc. Los diálogos tipo de romper el flujo de una página por lo que debe utilizarse con más cuidado.
Una buena característica de las ventanas emergentes es que se pueden usar como paneles superpuestos, que podrían usarse para crear un menú que se desliza desde el lateral de la pantalla, no muy diferente al menú en la aplicación iphone de Facebook.
Al final del día, cualquiera podría ser utilizado, y ninguno está bien o mal, mucho de eso se reduce a preferencias personales, y cómo quiere que fluya su aplicación.