Noté que algunos controles aspx no estaban siendo reconocidos por intellisense, y cuando traté de compilar, recibí errores que indicaban que los controles básicamente no existían.Algunos controles aspx no se reconocen en los archivos de código subyacente
Después de muchos retoques, me di cuenta de que faltaba el archivo .aspx.designer.cs para varios archivos .aspx.
¿Cuál es la mejor manera de volver a crear los archivos?
Es cierto, pero tal vez investigue las diferencias entre "Sitio web" y "Aplicación web" "antes de tomar esa decisión. Hay ventajas y desventajas para ambos. http://msdn.microsoft.com/en-us/library/aa730880(VS.80).aspx – TimS