Tenía un proyecto VS2008 que mostraba esta advertencia, y no pude encontrar una solución en ningún lado, tal vez mi Google-fu es débil.Solución para: Elemento <element> no es una advertencia de elemento conocido en vs2008 al usar Controles de usuario
En cualquier caso, la solución aparente a esto es asegurarse de que TagName es el nombre de la clase de control.
Así que para mi ejemplo, la siguiente muestra la advertencia:
<%@ Register Src="~/path/to/Control.ascx" TagName="tagName" TagPrefix="tagprefix" %>
<tagprefix:tagName runat="server" id="controlID" />
Pero cambiar a:
<%@ Register Src="~/path/to/Control.ascx" TagName="Control" TagPrefix="tagprefix" %>
<tagprefix:Control runat="server" id="controlID" />
arregla.
YMMV.
Esta respuesta es la que resolvió mi problema en un proyecto de C# .NET que presenta la advertencia "elemento no es un elemento conocido" en un asp: etiqueta de contenido – Joey