Supongo que es porque, como UIAlertView, se presenta en una nueva ventana UI, por lo que la propiedad windowLevel garantiza que se presente sobre todo el contenido.
Independientemente de si está en una nueva ventana UI, en lo que respecta a la contención del controlador de vista, no debería tener problemas para utilizar jerarquías complejas de contenedor padre-hijo en los controladores de vista que presente en un UIPopoverController. Tengo controladores de vista con al menos tres niveles de anidación en
Pillboxie para algunos de los popovers, sin ningún problema.
ACTUALIZACIÓN: he comprobado la jerarquía ingresando las clases de los tres primeros niveles de la jerarquía de vistas en un proyecto de ejemplo, y es como sigue cuando un popover es visible (mi controlador de vista raíz tenía dos UIButtons) :
A VENTANA:
_SUBVIEW CLASE: UIView
___SUBSUBVIEW CLASE: UIRoundedRectButton
_ _SUB SUBSUBVIEW CLASE: UIButtonLabel
___SUBSUBVIEW CLASE: UIRoundedRectButton
_ _SUBSUBSUBVIEW CLASE: UIButtonLabel
_SUBVIEW CLASE: UIDimmingView
___SUBSUBVIEW CLASE: _UIPopoverView
_ _SUBSUBSUBVIEW CLASE: _UIPopoverStandardChromeView
_ _SUBSUBSUBVIEW CLASE: UIView
documentación de Apple afirma que la opinión del controlador de vista raíz en una UIWindow no debe tener ningún hermano Vistas a las gestionado por otros controladores de vista, porque esos controladores de vista de hermanos no van a recibir eventos de rotación (ver here , segunda viñeta).
Por lo tanto, si Apple hubiera convertido a UIPopoverController en una subclase UIViewController, tendría que agregarla como una subvista secundaria/hijo de la jerarquía de rootViewController. Pero, ¿qué sucede si el controlador de vista raíz (que es su código, de todos modos) decide presentar una vista que interfiere con la jerarquía de la vista de UIPopoverController? En lugar de dejarnos estallar, parece que Apple decidió administrar la presentación del UIPopoverController por completo, pero de tal manera que no tuvieron que otorgarse una excepción a la política de UIWindow de no-sibling-view-controllers.
El popover se presenta en la misma ventana que se necesita para que el trabajo 'passthroughViews' funcione. Con la contención del controlador de vista, quise decir que para el controlador de vista raíz de la ventana emergente, 'parentViewController' no está (probablemente, no lo haya intentado) no definido. La contención dentro de los diversos niveles del controlador de vista de contenido por supuesto funciona, pero ese no era mi punto. –
Su respuesta actualizada tiene sentido. Tiene que estar fuera de la jerarquía de vista del controlador de vista raíz para evitar problemas con las vistas recortadas. Por lo tanto, no puede formar parte de la jerarquía de contención UIViewController. –