git subtree split hace exactamente eso. Dada una carpeta a través de --prefix, generará un árbol separado dentro de su repositorio que puede enviar a otro repositorio y luego usarlo como mejor le parezca.
La versión actual del GIT (1.8.1) no incluye documentación del sub-árbol, pero se pueden encontrar aquí: https://github.com/apenwarr/git-subtree/blob/master/git-subtree.txt
El flujo se puede utilizar es:
# In Repo A create your subtree split and push it
> git subtree split --prefix sub --branch subBranch
> git push C subBranch:master
# After some changes that touched the sub directory
> git subtree push --prefix sub C master
El último comando Wil volver a dividir el árbol (utilizando las confirmaciones anteriormente divididas para mantener la integridad del árbol de C) y llevarlo al C/master.
Si desea eliminar el historial al contenido empujado a C puede utilizar la opción --squash cuando git split -ing y git push -ing. Debe ser coherente y seguir utilizándolo, ya que si comienza a mezclar subárbol de contenido aplastado y no aplastado, no podrá dividir y reutilizar correctamente las divisiones anteriores, por lo que no podrá presionarlo al C.
Por último, una vez que haya creado la primera división de sub, no es del todo necesario que la elimine y la reimporte como un nuevo subárbol. Si lo mantiene git subtree solo regenerará/reutilizar confirmaciones previamente creadas a partir de otras divisiones. Si elimina la carpeta y luego vuelve a agregar sub desde las confirmaciones creadas, debería funcionar, y si está usando --squash, coincidirá con lo que desea con C que no tiene historial, pero mantiene el historial de A).