Al usar Rscript, ¿hay una forma decente de suprimir la salida que no es de script?

Question

Duplicar posible:
R suppress startupMessages from dependency

he leído sobre el uso de sink("NUL")/sink("/dev/null"), pero ninguno de ellos ha solucionado el problema que estoy teniendo. Incluso si envuelvo los comandos library() en sink("NUL") y sink(), mi llamado a RSCRIPT da salida a todo tipo de información que no quiero ver:

Loading required package: Matrix 
Loading required package: methods 
Loading required package: lattice 
Loaded glmnet 1.8 

Loading required package: MASS 
Loading required package: lme4 

Attaching package: 'lme4' 

The following object(s) are masked from 'package:stats': 

    AIC, BIC 

Loading required package: R2WinBUGS 
Loading required package: coda 

Attaching package: 'coda' 

The following object(s) are masked from 'package:lme4': 

    HPDinterval 

Loading required package: abind 
Loading required package: foreign 

arm (Version 1.5-05, built: 2012-6-6) 

Working directory is C:/Users/andrews/bootstraps/user/_branches/ER-PoC/Bootstraps/R 


Attaching package: 'arm' 

The following object(s) are masked from 'package:coda': 

    traceplot 

[1] "client=51"   "date='01-01-2011'" 
[1] "01-01-2011" 
[1] 51 

Las cosas al final es la única salida realidad que quiero, y también es la única salida que puedo suprimir con los comandos sink(). Realmente parece que debería haber un argumento para Rscript que suprime esta salida (que ni siquiera aparece si yo source mi script en la consola) ... ¿alguna entrada?

Answer 1

Andrew, me encontré con lo mismo y suppressMessages() no quitó toda la producción adicional, pero utilizando sink() en forma de capture.output() envuelto alrededor de los suppressMessages() obras.

$ rscript --vanilla -e 'library(Rmpfr)' 
Loading required package: methods 
Loading required package: gmp 
---->8---- 
Loading C code of R package 'Rmpfr': GMP using 32 bits per limb 
---->8---- 


$ rscript --vanilla -e 'suppressMessages(library(Rmpfr))' 
Loading C code of R package 'Rmpfr': GMP using 32 bits per limb 


$ rscript --vanilla -e 'msg.out <- capture.output(suppressMessages(library(Rmpfr)))' 

¿Qué está pasando al cargar el paquete es Rmpfr varios mensajes de inicio de buen comportamiento escritos utilizando la conexión message junto con un mensaje no tan agradable de utilizar la conexión output. Claro, podría crear y manipular un sink() por su cuenta, pero eso es lo que capture.output() ya está configurado para hacer.

establecer Tal vez un arg detallado para conseguir un poco más de control sería útil ::

$ cat sample.R 
#!/c/opt/R/R-2.15.0/bin/rscript --vanilla 

cmd_args <- commandArgs(TRUE); 

if(length(cmd_args) > 0) { 
    eval(parse(text = cmd_args[1])) 
} 

if(exists("verbose")) { 
    library(Rmpfr) 
} else { 
    msg.trap <- capture.output(suppressMessages(library(Rmpfr))) 
} 

print("Hello") 

que produce ::

$ ./sample.R 
[1] "Hello" 


$ ./sample.R "verbose=TRUE" 
Loading required package: methods 
Loading required package: gmp 

Attaching package: 'gmp' 
---->8---- 
[1] "Hello" 

Un montón de cosas que podrían jugar con allí, pero al al menos puedes ver cómo suprimir totalmente la salida de msg.

Espero que ayude. ¡Que te diviertas!