estoy pensando en hacer repetidas llamadas (spinning) a QueryPerformanceCounter en dos hilos que estarán activas al mismo tiempo.
Oog. Piensa en lo que estás haciendo y en cuántos procesadores están disponibles. Si tiene un procesador, esto no funcionará: no pueden estar "activos al mismo tiempo" porque QueryPerformanceCounter no cede el control de un hilo a otro. Estoy bastante seguro de que el cambio de hilo en win32 con procesadores únicos tiene una granularidad de tiempo del orden de 1 ms.
Si tiene varios procesadores, se pueden obtener resultados glitchy (en teoría - que no tienen un PC multiprocesador por lo que no se han observado esto mismo). Se puede encontrar una discusión más divertida de QPC en Internet (ver el blog Raymond Chen's, por ejemplo)
Si realmente quieres girar-esperar para optimizar el tiempo, te sugiero que preguntes la mejor manera de hacerlo en una de las foros de programación de juegos donde hay expertos en tales cosas.