Como han dicho otros, depende: en el tamaño y la naturaleza de los datos y las operaciones que planea ejecutar en él.
En particular, para un script CGI , usted va a incurrir en un golpe de rendimiento para la conexión a un servidor de base de datos en cada página vista. Sin embargo, si crea un enfoque ingenuo basado en archivos, podría crear fácilmente peores problemas de rendimiento ;-)
Además de una solución Berkeley DB File, también podría considerar usar SQLite. Esto crea una interfaz SQL para una base de datos almacenada en un archivo local. Puede acceder a él con DBI y SQL, pero no hay servidor, configuración o protocolo de red. Esto podría permitir una migración más fácil si un servidor de base de datos es necesario en el futuro (ejemplo: si decide tener múltiples servidores de aplicaciones para el usuario, pero necesita compartir el estado).
Sin conocer ningún detalle, sugeriría usando una solución SQLite/DBI y luego revisar el rendimiento. Esto le dará flexibilidad con una puesta en marcha razonablemente simple y un rendimiento decente.
¿Qué piensas hacer con la información? –