Esto es normal.onStop() no se llama cuando presiono el botón Atrás
Los documentos dicen
"El onStart() y onStop() métodos se pueden llamar varias veces, ya que los suplentes de actividad entre ser visible y oculta para el usuario"
Al pulsar el botón de retroceso y volverá a la actividad anterior que cubre totalmente la anterior.
¿Qué está pasando aquí?
¿Puede mostrarnos un fragmento del código relevante que está utilizando para rastrear el método onStop? – Cristian