kazanaki tiene razón, los archivos java que se generan se pueden modificar pero los archivos .java resultantes son notoriamente desordenados, grandes y difíciles de interpretar. Además, no puede cambiar algunas cosas (como se señala en los comentarios en el archivo .java generado) sin hacer inútil el matisse porque espera que el archivo tenga cosas de cierta manera. Dicho eso, si tienes cuidado de no pisar los dedos de los pies de Matisse, puedes codificar y no tocará tu código, lo cual es bueno.
Outlaw es correcto también, si cambia algo que ya está en la opinión de Matisse se sobrescribirá. Cualquier cambio que realice fuera de matisse debe estar fuera de cualquier elemento que esté cubierto por el xml que matisse utiliza para generar el código.
He intentado este tipo de cosas antes con un éxito limitado y, finalmente, reescribí la interfaz para evitar estos enloquecedores dolores de cabeza.
Pensé que los archivos .form son específicos de Netbeans y que los archivos .java tienen el código fuente completo para las ventanas. ¿No es esto correcto? ¿No puedes editar los archivos java? – kazanaki