Siguiendo información que encontré en MSDN que podría ayudar a entender la diferencia de que deseas
Para recuperar los recursos globales mediante la tipificación estricta
Resources.ResourceFile.ResourceName se utilizan to retrieve global resources using strong typing
Los recursos son compilado en los Recursos del espacio de nombres, y cada recurso predeterminado se convierte en miembro de la clase Recursos. Por ejemplo, si ha creado el archivo de recursos predeterminado WebResources.resx y el archivo contiene un recurso llamado WelcomeText, puede hacer referencia al recurso en código como se muestra en el siguiente código
String welcome; welcome = Resources.WebResources.WelcomeText;
para más detalles: http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms227982.aspx
localización explícita
<asp:Button ID="Button1" runat="server"
Text="<%$ Resources:WebResources, Button1
Leyenda%>
La expresión de recursos tiene la siguiente forma, donde la clase es opcional, a menos que el recurso es un mundial uno, y ResourceID es obligatorio:
El valor de Clase identifica el archivo de recursos que se usará cuando utilice recursos globales. Cuando se compilan archivos .resx, el nombre del archivo base, sin extensiones, se utiliza como el nombre de clase del ensamblaje resultante, explícitamente. Si desea utilizar recursos de un archivo de recursos local (uno que coincida con el nombre de la página actual), no es necesario que incluya un nombre de clase. Esto se debe a que ASP.NET compara la clase de página con la clase de recurso.
El valor ResourceID es el identificador del recurso a leer. En el ejemplo anterior, la propiedad Text para el botón se lee desde el archivo de recursos globales WebResources.resx (o la versión localizada apropiada). En ese archivo, ASP.NET usa el valor para el recurso con el identificador Button1Caption y para la página misma. Para establecer las propiedades de página, puede utilizar expresiones de recurso en la directiva @ Page
más: http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms227427(v=VS.100).aspx
¿No tiene esta sintaxis <% = Resources.ResourceFile.ResourceName%> solo acceso a recursos globales? ¿Puedes acceder a App_LocalResources? No puedo parece. – User