Al principio no hay una razón real para almacenar sus archivos html, porque normalmente es solo eso más algún archivo css, o lo que sea.
Sin embargo, cuando entra en desarrollo real, como en un marco para el código front end + back-end, encontrará la necesidad de separar las cosas como servidor y público para el control de acceso a archivos y nombrando convenciones.
Cuando ese es el caso, terminas con una carpeta de "Activos", o "pública" o algo por el estilo. Boilerplate tiende a seguir esa convención.
Para hacer que la plantilla se extienda automáticamente a todos sus archivos html, debe desarrollar sus archivos de vista para que sean modulares.
Main template file
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----header (contains all the references/includes to boilerplate)
----content
----footer
Además, tenga en cuenta que en ese momento, su html ya no se almacenará como tipo de archivo .html; debe usar un lenguaje que sea capaz de combinar archivos en fragmentos. PHP hace esto muy bien, y como saben, django también puede manejar eso. Ruby on Rails, etc. vas a tener que decidir en qué idioma quieres trabajar. DE OTRO MODO, el antiguo método de combinación de trozos html es servidor incluye (también conocido como SSI o .shtml)
El problema de una url base se resuelve al tener su idioma de elección del lado del servidor trabajar con las directivas de su servidor web. Para apache, usas mod_rewrite, y luego puedes pasar un arg en la url que apunta a algunas clases/modelos/vistas, etc. Los frameworks MVC en realidad ya han resuelto ese problema para ti, si no te importa usar uno.
¿Algún enlace/libro a los que me puedas remitir para obtener más información al respecto? (Modular plantillas y utilizar PhP para hacer lo que acaba de sugerir. Me siento cómodo con Django al hacerlo, pero todavía no en esto) – Hick
MVC: codeigniter, kohana, zend, http://www.phpwact.org/php/mvc_frameworks – Kristian