Como se menciona en la otra respuesta, ahora hay una implementación pura de Java de R: http://code.google.com/p/renjin. Emocionante desarrollo, y esperamos ver cómo evoluciona.
ex respuesta a continuación:
factura es correcta: no hay una aplicación pura del langauge R (o el S langauge) ya sea en la JVM o CLR, así que lo mejor que puede hacer es utilizar algún tipo de interfaz a través de C.
JRI le permite llamar a R desde cualquier programa Java, por lo que cualquier lenguaje en la JVM debería poder llamar a los JRI jar. Vea mi ejemplo de cómo usar esto en esta pregunta: R from within Java. Como ejemplo, hay una biblioteca de clojure que se está desarrollando actualmente en torno a JRI por Joel Boehland: Rincanter (read about it here).
Ubicación movida de 'rejnin': https://github.com/bedatadriven/renjin – kmonsoor