Yo definitivamente recomiendo selenio, puede utilizarlo desde .NET, compatible con diferentes navegadores, que funciona en automático y construye los procesos de IC (lo usamos desde CCNet). El código es estable. Tiene algunos caprichos, pero después de todo, todos lo hacen.
Cualquiera que sea la herramienta que elija, le recomiendo hacer su propia clase de fachada de prueba a su alrededor. La fachada debe diseñarse para satisfacer sus necesidades de prueba de concreto, sin exponer demasiado los detalles de la API de la herramienta de prueba. Esto hará que el código de prueba sea más fácil de escribir y mantener.
ACTUALIZACIÓN: si utiliza el estado de vista ASP.NET en su aplicación, puede tener problemas al usar una herramienta de prueba HTTP pura. Aquí es donde los controladores de navegador (como el Selenio) son mucho mejores.
Como dice Chad Grant, si estás en el mundo de .Net debes mirar WatiN en lugar de Watir. Ver también esta pregunta: http://stackoverflow.com/questions/606550/watir-vs-selenium-vs-sahi – AakashM