La "única README" es sólo un ejemplo. Por supuesto, puede agregar, enviar y enviar todos los archivos que desee. El archivo README es especial para github, porque se muestra en la parte inferior de la página de repositorios (nota al margen: también funciona en subdirectorios). Esa es la única razón por la que solo mencionan esta.
git add README
git add otherFile
git add aDirectory
Realmente no hace ninguna diferencia para github cuando de comprometerse y empuje archivos específicos para GitHub. Sin embargo, estoy acostumbrado a agregar solo los archivos más generales (README y algunos archivos de licencia) a la confirmación inicial. Es solo una cuestión de tu preferencia personal.
¿Sabes cómo usar 'git'? Se supone que tienes tu propio repositorio local que puedes "enviar" a github una vez que hayas configurado todo. – progo